Томи Лий Джоунс е роден на 15 септември 1946 година в Сан Саба, Тексас. Завършва местната гимназия Сейнт Марк, след което се записва да учи в Харвард със стипендия. Любопитен факт от живота му е, че там е съквартирант с бъдещия вицепрезидент на САЩ Ал Гор, с когото и до днес са близки приятели.
През 1969 година завършва английска литература със степен бакалавър. Веднага след дипломирането си се мести в Ню Йорк и започва театрална кариера на Бродуей. Дебютира в пиесата "А Patriot for Me" (1969). Година след това прави и дебюта си на широк екран с малка роля в "Love Story".
В следващите години, докато все още живее в N.Y, продължава да играе в куп пиеси на Бродуей. В началото на 70-те решава да се отдаде на телевизията и участва 4 години в сапунената опера "One Life to Live" (71-75) в ролята на д-р Марк Толанд. След това се снима в "Ангелите на Чарли", "Невероятния Хауърд Хюз", Smash-Up On Interstate 5".
С ролите си си създава реномето на актьор, който се справя перфектно, както с поддържащи, така и с главни роли. Прочува се и с желанието си често сам да си пише реплики в сценариите, като в доста филми импровизира, без да се придържа изцяло към готовия текст.
През 90-те Джоунс вече е доказано име и се снима предимно в продукции, които стават безспорни хитове. Така е с "Беглецът" с Харисън Форд, "Мъже в черно" с Уил Смит, "Батман Завинаги" и още куп други. През 1995 година прави и дебюта си като режисьор - на лентата "Добрите стари момчета", която минава с успех по телевизионния канал TNT.
През последните години пък се снима в продължението на "Мъже в черно", "The Hunted", "Man of the House". Участва в обралия куп оскари "Няма място за старите кучета", както и в "Земите на Елая", като за ролята си в него също бе номиниран за най-ценното филмово отличие.
От 1971 до 1978 година е женен за внучката на писателя Ринг Ларднър - Кейт. Вторият му брак е с колежката му Кимбърли Клофли, с която се срещат на снимачната площадка на "Back Roads" през 1980 година. Тя му ражда и две деца - Остин Леонард (р.1983) и Виктория Кафка (р.1991). През 1996 се развеждат, а пет години по-късно отново се жени - този път за далеч по-неизвестната Даун Лий, с която са заедно и до днес.
- Никога не е взимал уроци по актьорско майсторство
- Като типичен тексасец, има собствено ранчо, в което отглежда понита и играе поло
- В жилите му тече кръв на индианците чероки
- Говори свободно испански
- Фен на тима от NBA Сан Антонио Спърс
- In the Valley of Elah (2007) .... Hank Deerfield
- No Country for Old Men (2007) .... Sheriff Ed Tom Bell
- A Prairie Home Companion (2006) .... Axeman
- The Three Burials of Melquiades Estrada (2005) .... Pete Perkins
... aka Three Burials: The Three Burials of Melquiades Estrada (Australia: DVD box title) (UK: DVD box title)
... aka The Three Burials of Melquiades Estrada (International: English title)
... aka Trois enterrements (France) - Man of the House (2005/I) .... Ranger Roland Sharp
- The Missing (2003/I) .... Samuel Jones/Chaa-duu-ba-its-iidan
- The Hunted (2003) .... L.T. Bonham
- Men in Black II (2002) .... Kevin Brown, Agent Kay
... aka MIB 2 (USA: promotional abbreviation)
... aka MIIB (USA: promotional abbreviation) - Space Cowboys (2000) .... Hawk Hawkins
- Rules of Engagement (2000) .... Col. Hayes 'Hodge' Hodges
... aka Règles d'engagement, Les (Canada: French title)
... aka Rules - Sekunden der Entscheidung (Germany)
... aka Rules of Engagement - Die Regeln des Krieges (Germany: TV title) - Double Jeopardy (1999) .... Travis Lehman
... aka Doppelmord (Germany)
... aka Double condamnation (Canada: French title) - Small Soldiers (1998) (VG) (voice) .... Major Chip Hazard
- Small Soldiers (1998) (voice) .... Chip Hazard
- U.S. Marshals (1998) .... Chief Deputy Marshal Samuel Gerard
- Men in Black (1997) .... Agent K (Kay)
... aka MIB (USA: promotional abbreviation) - Volcano (1997) .... Mike Roark
- Batman Forever (1995) .... Two-Face / Harvey Dent
- The Good Old Boys (1995) (TV) .... Hewey Calloway
- Cobb (1994) .... Ty Cobb
- Blue Sky (1994) .... Maj. Henry 'Hank' Marshall
- Natural Born Killers (1994) .... Warden Dwight McClusky
- The Client (1994) .... 'Reverend' Roy Foltrigg
- Blown Away (1994) .... Ryan Gaerity
- Heaven & Earth (1993) .... Steve Butler
... aka Entre ciel et terre (France) - The Fugitive (1993) .... Marshal Samuel Gerard
- House of Cards (1993) .... Jake Beerlander
- Under Siege (1992) .... William Stranix
... aka Piège en haute mer (France) - JFK (1991) .... Clay Shaw / Clay Bertrand
... aka JFK (France)
... aka JFK - Affaire non classée (France: poster title) - Fire Birds (1990) .... Brad Little
... aka Wings of the Apache - The Package (1989) .... Thomas Boyette
- "Lonesome Dove" (1989) TV mini-series .... Woodrow F. Call
- Gotham (1988) (TV) .... Eddie Mallard
... aka The Dead Can't Lie - April Morning (1988) (TV) .... Moses Cooper
- Stormy Monday (1988) .... Cosmo
- Stranger on My Land (1988) (TV) .... Bud Whitman
- The Big Town (1987) .... George Cole
- Broken Vows (1987) (TV) .... Pater Joseph McMahon
- Yuri Nosenko, KGB (1986) (TV) .... Steve Daley
... aka The Cold War (USA: bootleg title)
... aka Yuri Nosenko: Double Agent (International: English title: video title) - Black Moon Rising (1986) .... Quint
- The Park Is Mine (1986) (TV) .... Mitch
- Cat on a Hot Tin Roof (1985) (TV) .... Brick Pollitt
- The River Rat (1984) .... Billy
- Nate and Hayes (1983) .... Captain Bully Hayes
... aka Savage Islands (UK) - The Executioner's Song (1982) (TV) .... Gary Mark Gilmore
- The Rainmaker (1982) (TV) .... Starbuck
- Back Roads (1981) .... Elmore Pratt
... aka Love with a Sinner (Philippines: English title) - Barn Burning (1980) (TV) .... Ab Snopes
... aka The American Short Story Collection: Barn Burning - Coal Miner's Daughter (1980) .... 'Mooney' Lynn
- Eyes of Laura Mars (1978) .... John Neville
- The Betsy (1978) .... Angelo Perino
... aka Harold Robbins' The Betsy - Rolling Thunder (1977) .... Cpl. Johnny Vohden
- The Amazing Howard Hughes (1977) (TV) .... Howard Hughes
- Smash-Up on Interstate 5 (1976) (TV) .... Officer Hutton
- "Family" .... David Needham (1 episode, 1976)
- Coming of Age (1976) TV episode .... David Needham - Jackson County Jail (1976) .... Coley Blake
... aka The Innocent Victim (USA: video title) - "Charlie's Angels" .... Aram Kolegian (1 episode, 1976)
- Charlie's Angels (1976) TV episode .... Aram Kolegian - "Baretta" .... Sharky (1 episode, 1976)
- Dead Man Out (1976) TV episode .... Sharky - "Barnaby Jones" .... Dr. Jim Melford (1 episode, 1975)
- Fatal Witness (1975) TV episode .... Dr. Jim Melford - Eliza's Horoscope (1975) (as Tom Lee Jones) .... Tommy Lee
- Life Study (1973) .... Gus
- "One Life to Live" (1968) TV series .... Dr. Mark Toland (unknown episodes, 1971-1975)
- Love Story (1970) (as Tom Lee Jones) .... Hank Simpson